seu pai o obrigou a casar-se em 1376, aos 16 anos, com Da. Leonor de Alvim, quatro anos mais velha, com quem teve três filhos: dois meninos, que morreram jovens; e a filha Beatriz Pereira de Alvim.
Em novembro de 1401, Beatriz desposou D. Afonso, Conde de Barcelos, filho ilegítimo do Mestre de Avis com Inês Pires, nascido antes do casamento deste com a princesa inglesa Filipa de Lencastre, que deu origem à famosa Ínclita Geração: Dona Branca (1388-1389) e Dom Afonso (1390-1400) morreram ainda crianças; Dom Duarte, futuro rei (1391-1438); Dom Pedro, Duque de Coimbra (1392-1449); Dom Henrique, Duque de Viseu (1394-1460); Dona Isabel, Duquesa de Borgonha (1397-1471); Dom João, Condestável (1400-1442); e Dom Fernando, o Infante Santo (1402-1443).
Dom Afonso foi legitimado pelo rei, recebendo como dote e herança da esposa os bens resultantes das doações de seu pai, Dom João I de Portugal, ao condestável Nuno Álvares Pereira, na sequência dos feitos militares deste durante as guerras com Castela (1383-1385).
Dom Afonso daria origem à Sereníssima Casa de Bragança, que viria a reinar de 1641 a 1910 (quando foi proclamada a república), e que se tornaria a Casa mais rica e importante de Portugal. Foi também a dinastia reinante no Império do Brasil de 1822 a 1889, a qual daria origem à dinastia Orleans e Bragança com o casamento da Princesa Imperial Dona Isabel com o Conde D’Eu.
Em 1383 morreu Dom Fernando I, último rei de Portugal e Algarves da Casa de Borgonha. Conhecido como o Formoso e o Inconstante, ele assumira o trono em 1367 e deixara apenas uma filha, que se casou com Dom João I, rei de Castela. Este, reivindicando os direitos da esposa, pretendeu herdar a coroa de Portugal.
O príncipe João de Portugal, Mestre de Avis, era filho ilegítimo de D. Pedro I, além disso religioso. No entanto os nobres portugueses apoiaram suas pretensões à coroa, como meio de evitar a perda da independência do país. Para reinar, certamente foi dispensado dos votos religiosos. Dom Nuno Álvares foi um dos primeiros a apoiá-lo.
Houve guerra, e deu-se em abril de 1384 a primeira grande vitória militar de Dom Nuno Álvares Pereira frente aos castelhanos, na batalha dos Atoleiros. Pela primeira vez na Península Ibérica, um exército a pé derrotou um exército com cavalaria pesada.
Como consequência, em abril de 1385 as Cortes portuguesas reconheceram o Mestre de Avis como rei, com o nome de Dom João I. Em recompensa pela vitória, Dom Nuno foi nomeado pelo monarca Condestável de Portugal e Conde de Ourém, além de membro de seu Conselho de Governo.
O rei castelhano, entretanto, não se rendera, e invadiu a Beira Alta. Dom Nuno reagiu, iniciando uma série de cercos às cidades leais a Castela. Em ações militares fulminantes, conquistou a província do Minho.
No dia 14 de agosto de 1385, o Condestável mostrou o seu gênio militar na memorável batalha de Aljubarrota, para a qual escolheu o melhor local e pôs em prática as táticas de guerra que aprendera com os ingleses. Apesar da desigualdade de forças entre os dois exércitos, obteve uma vitória esmagadora, consolidando ainda mais a confiança dos combatentes portugueses em seu comandante.
Essa vitória seria decisiva para superar a instabilidade política de 1383-1385 e consolidar a independência portuguesa.
Finda a ameaça castelhana, Dom Nuno Álvares Pereira incorporou aos seus títulos os de Conde de Arraiolos e Barcelos.
Entre 1385 e 1390 (ano da morte do rei de Castela), Dom Nuno dedicou-se a incursões contra a fronteira de Castela, a fim de manter a pressão e dissuadir o país vizinho de novos ataques.
Em 1385 foi travada em terreno castelhano a célebre batalha de Valverde. Narra-se que na fase mais crítica dessa batalha, quando parecia inevitável a derrota completa do exército português, o escudeiro encontrou Dom Nuno ajoelhado entre dois penedos e rezando em êxtase. Quando este chamou sua atenção para a batalha que se perdia, o Condestável fez um sinal com a mão, pedindo silêncio.
— Nada de orações, que morremos todos! — apostrofou o escudeiro.
Dom Nuno respondeu tranquilamente:
— Amigo, ainda não é hora. Aguardai um pouco, e acabarei de rezar.
Quando ele finalizou as orações, ergueu-se com o rosto iluminado; e dando ordens, conseguiu reverter a batalha de modo considerado milagroso.
Depois dessa batalha os castelhanos se recusaram a fazer-lhe guerra em campo aberto. Seu nome lhes inspirava terror. Passaram então, sempre que possível, a atacar a fronteira com pilhagens, aplicando a tática de terra arrasada quando Dom Nuno entrava em Castela.